违法发放贷款罪立案标准是1.银行或者其他金融机构及其员工违反国家规定发放贷款，数额在一百万元以上的；2.违反国家规定发放贷款，导致直接经济损失数额在二十万元以上的。

依据最高人民检察院、公安部《关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定》第四十二条，银行或者其他金融机构及其员工违反国家规定发放贷款，涉嫌下列情形之一的，应予立案追诉:

违法发放贷款，数额在一百万元以上的;

违法发放贷款，导致直接经济损失数额在二十万元以上的。

关于骗取贷款、违法发放贷款“数额巨大”的问题。最高人民检察院公诉厅经商该院法律政策研究室觉得，尽管此类犯罪新的立案追诉标准正在起草、修改中，但可依据案件具体状况，参考此标准中关于“数额巨大”的规定处置个案。最高人民法院刑事审判第二庭赞同《立案追诉标准》确定的数额标准。因此，骗取贷款、违法发放贷款，数额在一百万元以上的，可以认定为“数额巨大”。

法律依据：

《刑法》第一百八十六条 银行或者其他金融机构的员工违反国家规定发放贷款，数额巨大或者导致重大损失的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处一万元以上十万元以下罚金;数额特别巨大或者导致特别重大损失的，处五年以上有期徒刑，并处二万元以上二十万元以下罚金。

银行或者其他金融机构的员工违反国家规定，向关系人发放贷款的，根据前款的规定从重处罚。

单位犯前两款罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管职员和其他直接责任职员，根据前两款的规定处罚。

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