1、行政机关保管档案的法定职责
《中华人民共和国档案法推行方法》
第二条　《档案法》第二条所称对国家和社会有保存价值的档案，是国家所有些，由国家档案局会同国家有关部门确定具体范围；是集体所有、个人所有与其他不是国家所有些，由省、自治区、直辖市人民政府档案行政管理部门征得国家档案局赞同后确定具体范围。
档案是指过去和目前的国家机构、社会组织与个人从事政治、军事、经济、科学、技术、文化、宗教等活动直接形成的对国家和社会有保存价值的各种文字、图表、声象等不同形式的历史记录。是国家所有些，由国家档案局会同国家有关部门确定具体范围；是集体所有、个人所有与其他不是国家所有些，由省、自治区、直辖市人民政府档案行政管理部门征得国家档案局赞同后确定具体范围。
《档案管理违法违纪行为处分规定》
第七条　因工作不负责任或者不遵守档案工作规范，致使档案损毁、丢失的，对有关责任职员，给予记过处分；情节较重的，给予记大过或者降级处分；情节紧急的，给予撤职或者开除处分。
第二条　有档案管理违法违纪行为的单位，其负有责任的领导职员和直接责任职员，与有档案管理违法违纪行为的个人，应当承担纪律责任。是下列职员的（以下统称有关责任职员），由任免机关或者监察机关根据管理权限依法给予处分：
（一）行政机关公务员；
（二）法律、法规授权的具备公共事务管理职能的组织中从事公务的职员；
（三）行政机关依法委托从事公共事务管理活动的组织中从事公务的职员；
（四）企业、社会团体中由行政机关任命的职员。
事业单位员工有档案管理违法违纪行为的，根据《事业单位员工处分暂行规定》实行。
《中华人民共和国档案法》
第二条　本法所称的档案，是指过去和目前的国家机构、社会组织与个人从事政治、军事、经济、科学、技术、文化、宗教等活动直接形成的对国家和社会有保存价值的各种文字、图表、声象等不同形式的历史记录。
第二十四条　以下行为之一的，由县级以上人民政府档案行政管理部门、有关主管部门对直接负责的主管职员或者其他直接责任职员依法给予行政处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任:
（一）损毁、丢失是国家所有些档案的；
（二）擅自提供、抄录、公布、销毁是国家所有些档案的；
（三）涂改、伪造档案的；
（四）违反本法第十七条规定，擅自出卖或者出售是国家所有些档案的；
（五）将档案卖给、赠送给外国人或者外国组织的；
（六）违反本法第十条、第十一条规定，不按规定归档或者不按期移交档案的；
（七）明知所保存的档案面临危险而不采取手段，导致档案损失的；
（八）档案员工玩忽职守，导致档案损失的。
在借助档案馆的档案中，有前款第一项、第二项、第三项违法行为的，由县级以上人民政府档案行政管理部门给予警告，可以并处罚款；导致损失的，责令赔偿损失。
企业事业组织或者个人有第一款第四项、第五项违法行为的，由县级以上人民政府档案行政管理部门给予警告，可以并处罚款；有违法所得的，没收违法所得；并可以根据本法第十六条的规定征购所出卖或者赠送的档案。
无论是不是涉嫌行政诉讼，行政机关都有保管档案的法定职责。假如公务职员因工作不负责任或者不遵守档案工作规范，致使档案损毁、丢失的，对有关责任职员，给予记过处分；情节较重的，给予记大过或者降级处分；情节紧急的，给予撤职或者开除处分。
2、档案在行政诉讼中的要紧用途
1.主要证据之档案
第三十三条　证据包含：
（一）书证；
（二）物证；
（三）视听资料；
（四）电子数据；
（五）证人证言；
（六）当事人的陈述；
（七）鉴别建议；
（八）勘验笔录、现场笔录。
以上证据经法庭审察属实，才能作为认定案件事实的依据。
第三十四条　被告对作出的行政行为负有举证责任，应当提供作出该行政行为的证据和所依据的规范性文件。
被告不提供或者无正当理由逾期提供证据，视为没相应证据。但，被诉行政行为涉及第三人合法权益，第三人提供证据的除外。
主要证据指的是对案件事实的证明起主要用途的证据。在行政诉讼中，被告对作出的行政行为负有举证责任，应当提供作出该行政行为的证据和所依据的规范性文件。能证明行政行为合法性的主要证据就是档案。通过档案，可以了解地知道行政机关为了作出行政行为，历程了什么步骤，与每一个步骤的起止时间、对应的行为、有关的文件资料。因此档案最能直接体现行政行为从始至终的全过程，总是视为行政机关证明行政行为合法性的主要证据。
2.行政机关的法定举证责任
第四十三条　证据应当在法庭上出示，并由当事人互相质证。对涉及国家秘密、商业秘密和个人隐私的证据，不能在公开开庭时出示。
人民法院应当根据法定程序，全方位、客观地审察核实证据。对未采纳的证据应当在裁判文书中说明理由。
以非法方法获得的证据，不能作为认定案件事实的依据。
第三十七条　原告可以提供证明行政行为违法的证据。原告提供的证据不成立的，不免除被告的举证责任。
行政机关的举证责任是法定责任，不因原告的举证行为而免除；且证据应当在法庭上出示，并由当事人互相质证，只有经过法庭审察属实，才能作为认定案件事实的证据。在实践中，原告总是会提供行政行为违法的证据，有些被采纳，有些不会被采纳。即便原告不可以证明行政行为违法，行政机关也依旧要拿出证据证明我们的行政行为合法，假如行政机关拿不出证据证明行政行为合法的话，依旧会被视为没证据，那样质证就无从谈起，行政机关也就失去了证明行政行为合法的渠道。
3、行政机关档案丢失的诉讼结果
依据法律规定，行政行为的主要证据丢失，法院可以判决撤销或者部分撤销行政行为，并可以判决被告重新作出行政行为，也就是行政机关败诉。人民法院判决被告重新作出行政行为的，被告不能以同一的事实和理由作出与原行政行为基本相同的行政行为。假如行政行为不可以撤销或者无需撤销的话，那样人民法院判决确认违法。行政行为有推行主体不具备行政主体资格或者没依据等重大且明显违法情形，原告申请确认行政行为无效的，人民法院判决确认无效。人民法院判决确认违法或者无效的，可以同时判决责令被告采取弥补手段；给原告导致损失的，依法判决被告承担赔偿责任。